numpy multiply broadcast by column

假設array a的size為(2,5)，array c的size為(2,)，如果要做elementwise multiplication時，我的做法:
(a.T*c).T
但是這個做法需要寫到兩次transpose，式子變長時不易理解。

後來在trace別人的code時，看到了以下的寫法:
a*c[:, np.newaxis]
即可達到相同的效果，且較容易理解。

[Theano] 在Eclipse中使用GPU執行程式

首先在{HOME}下建立.theanorc檔案，內容如下：
 [global] floatX = float32
 device = gpu0 
 [nvcc] fastmath = True 
存檔後，退出至{HOME}中。 
輸入nvcc指令測試cuda套件是否已經安裝完成。 

然後到eclipse隨便建立一個python檔，import theano後，執行該程式， 此時可能會出現以下錯誤：
 ERROR (theano.sandbox.cuda): nvcc compiler not found on $PATH. Check your nvcc installation and try again.

 這是因為eclipse的pydev套件使用的PATH變數與linux中不同，
用以下指令修正：
 window->preferences->PyDev->Interpreter-Python->Environment->New-> Name: PATH, Value: ${env_var:PATH}:/usr/local/cuda-5.0/bin 

設定完成後，可在python檔使用
 import os 
print os.environ['PATH'] 
 確定環境變數修改完成。

[R] install.packages without graphics

由於我經常使用linux + screen的方式在遠端執行R ,在安裝R套件時無法使用graphics套件來選擇mirror，所以改用以下的方式在console下設定mirror site後，再來安裝套件。

chooseCRANmirror(graphics=FALSE);
install.packages("pkgName")

即可安裝套件。

postgresql備份與還原

 OS: Ubuntu 12.04 & Postgresql 9.1

因為備份與還原資料時，需要相當長的時間，因此我所使用的備份與還原的工具都是在screen環境下使用pg_backup備份，psql還原。

備份

• pg_dump -h [host](localhost) -F [format, p: sql script(default), t: tar, c: compress] [資料庫名稱 ] -U [帳號] -f [備份檔名稱.sql] -v
• 以db_chenhh這個帳號，備份investment資料庫，則命令：pg_dump investment -U db_chenhh -f investment_backup.sql

還原

• 命令：psql -f [備份檔名稱.sql] [資料庫] [帳號]
• psql -f investment_backup.sql investment db_chehh

• 命令: pg_restore, 參數與pg_dump相同
• pg_restore -f investment_backup.sql investment

更換BLAS implementation

使用openBLAS替換ATLAS(Ubuntu 12.04)

1. sudo apt-get install libopenblas-base, libopenblas-dev
2. sudo update-alternatives --all
3. set liblapack.so.3gf to/usr/lib/lapack/liblapack.so.3gf

其它的BLAS替代方案可參考Debian wiki：http://wiki.debian.org/DebianScience/LinearAlgebraLibraries

linux新增字型

OS: ubuntu 12.04 

新增字型的方法:

1. 在/usr/share/fonts新增資料夾(e.g. winfonts)
2. 將字型檔案copy至/usr/share/fonts/winfonts/
3. 執行sudo fc-cache -f -v

postgresql連線問題(beta)

1. Cdbexception
這是一個連線數超過資料程式庫限制連線數的的問題。
首先檢視一下資料庫內，現在的連線數:
• postgres=# select count(1) from pg_stat_activity; #目前連線數
• postgres=# show max_connections; #系統最大連線數
• postgres=# show superuser_reserved_connections; #保留給superuser的連線數
解決方法：

• 增大postgresql.conf中的參數max_connections或superuser_reserved_connections 值(修改這兩個參數都需要重啟DB)
• 開發程式上檢查連線數是否正常關閉等，應急情況下，可把pg_stat_activity中IDLE的程式移除，kill procpid;


2. psql: could not connect to server: Connection refused (0x0000274D/10061)
這個問題一般是以下原因造成的：
• 伺服器沒起來，ps -ef|grep postgres檢視是否存在PG程式
• 監聽問題，cat postgresql.conf|grep listen 檢視監聽位址是否正確
• 服務端高階使用者能進去，其他用戶不行，檢查是否超出最大連線數限制
• 以上都沒問題，伺服器端能連進去，但用戶端不行，這時需要檢視pg_hba.conf檔案
• 以上都沒問題，檢查伺服器端的iptables,開啟防火牆的存取通訊埠